Le microbiote intestinal humain

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Qu’est-ce qu’un microbiote ? Nous sommes porteurs de plusieurs microbiotes : intestinal, vaginal, cutané, pulmonaire…

Le plus important est le microbiote intestinal plus connu sous le nom de « flore intestinale ». Il s’agit de tous les micro-organismes qui colonisent notre tube digestif. Il est composé essentiellement de bactéries mais également, à une moindre échelle, de champignons, de parasites ou encore de virus.

Chaque être humain compte dans son microbiote intestinal environ 1.000 à 100.000 milliards de bactéries qui représentent un poids de 1 à 2 kg ! Elles sont classées en différentes espèces et environ 1000 espèces ont été individualisées chez l’Homme actuellement. Mais parmi ces 1000 espèces, chaque être humain n’est porteur que de 160 espèces en moyenne.

À l'image de l’empreinte digitale, le microbiote de chaque individu est unique d’un point de vue quantitatif et qualitatif. Bien que 50% des espèces se retrouve d’un individu à l’autre, chaque être humain possède sa propre empreinte fécale !

Il existerait un « socle » de 15 à 20 espèces communes assurant les fonctions de base. Ces bactéries ne sont pas pathogènes, c’est-à-dire qu’elles ne sont pas nocives pour leur hôte et ne provoque donc pas de maladies. Elles lui sont même bénéfiques et possèdent plusieurs rôles que nous développerons plus bas.

Le microbiote se forme dès la naissance. Le fœtus se développe au sein d’un environnement stérile. Puis, lors de l’accouchement, le nouveau-né va bénéficier d’une première colonisation bactérienne. Lors d’un accouchement par voix basse, il s’agit essentiellement de bactéries issues de la mère (du vagin, de la peau, des selles voir du lait maternel). Lors d’un accouchement par césarienne il s’agit prioritairement de bactéries d’origine environnementales.

Ce microbiote va se modifier et se développer au cours des premières années de vie et notamment au moment de la diversification alimentaire. D’autres facteurs influencent aussi sa composition tel que la génétique, le niveau d’hygiène, les traitements médicamenteux reçus (notamment antibiotiques) ou encore l’environnement. Mais l’alimentation de l’enfant joue un rôle primordial. Vers 2-3 ans l’enfant possède un microbiote fonctionnel stable qui restera sensiblement le même au cours de sa vie.

Quels sont les rôles des micro-organismes du microbiote ?

• Un rôle fondamental dans la digestion :
  • Ils assurent la fermentation
  • Ils possèdent des enzymes que ne possède pas l’être humain et qui permettent l’assimilation de certains nutriments
  • Ils dégradent l’amidon, la cellulose ou les polysaccharides
  • Ils participent à la synthèse de certaines vitamines (K, B12, B8)
  • Ils régulent plusieurs voies métaboliques : absorption des acides gras, du calcium, du magnesium…

• Un rôle immunitaire
  • Premièrement par une fonction de barrière : les bactéries du microbiote peuvent lutter contre les bactéries pathogènes (responsables de maladies) en entrant en compétition avec elles. Plus simplement les bonnes bactéries (par leur nombre) vont empêcher la prolifération des « mauvaises » bactéries et leur entrée dans l’organisme. Mais les bactéries du microbiote peuvent également libérer directement des substances bactéricides qui vont tuer les bactéries pathogènes.
  • Deuxièmement, le microbiote participe au développement et la maturation du système immunitaire, non seulement digestif mais de tout l’organisme, par la différenciation entre les agents pathogènes (responsables de maladies) et les agents non pathogènes (inoffensifs pour l’Homme).

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Docteur Jacqueline Delanoë